شمر از جمله افرادی بود که «عبیدالله بن زیاد» حاکم کوفه، او را برای پراکنده کردن مردم کوفه از اطراف مسلم بن عقیل، یار حسین بن علی، به دارالاماره فرستاد. زمانی که عمر بن سعد، فرمانده لشکر کوفه در نامه‌ای برای حاکم کوفه نوشت که حسین بن علی حاضر شده که یا برگردد و یا با او بیعت کنند «عبیدالله حاکم کوفه» نظر داد که باید پذیرفت ولی وقتی شمر از این نامه مطلع شد، او را منع کرد و گفت که اگر حسین بن علی خود را تسلیم نکند و برود، بعداً قدرتمند می‌شود. پس بهتر است نگذارید برود.

 

عبیدالله هم نظر شمر را قبول کرد او را فرمانده سپاه با 4000 جنگجو کرد و همراه با نامه‌ای به طرف عمربن سعد فرمانده کوفه در کربلا فرستاد، تا از حسین بخواهد که یا تسلیم شود و یا به جنگ تن در دهد و به دنبال این نامه، گفت ای عمر سعد، اگر اینکار را انجام نمی‌دهی از لشکر ما کناره بگیر و لشکر را به شمربن ذی الجوشن واگذار.

 

آخرین ساعتهای روز دهم محرم، زمانی که حسین بن علی جراحت‌های زیادی در سر و بدن داشت، شمر، با چکمه و خنجر برهنه بر سینه او نشست و سر او را از تن جدا کرد.
 
بعد از واقعه جانگدار کربلا و به درک واصل شدن شمر

شمر بعد از واقعه کربلا، توانست از چنگ مختار بگریزد اما مختار دسـتـور داد کـه او را هـر کجا رفته اسـت، پـیـدا کـنـنـد و بـه سـزاى اعمال ننگینش برسانند. شمر در ماجراى شورش کوفه بر ضدّ مختار از عاملان اصلى بود. در تنیجه یکی از غلامان مختار، به دنبال او رفت ولی غلام شمر او را کشت و بعد به قریه دیگری فرار کرد و از آنجا هم باز به قریه «کلتانیه» تا اینکه سپاهیان مختار در آن جا، او را محاصره کردند.
 
«مـسـلم ضـبـائى که هم قبیله شمر بود، مى‌گوید: «ما فرار کردیم و خود را به محلى در مسیر کـوفـه و بصره به نام ساتیدما رساندیم و در نزدیکى آن محل، دهکده کوچکى به نام کلتانیّه در حوالى سواحل فرات قرار داشت. ما در کنار تپّه‌اى مخفى شدیم که توسط یک روستایی جای ما لو رفت. شب هنگام بود که ماموران مختار ما را محاصره کردند. شمر را دیدم که جامه‌اى خوش‌بافت به تن داشت و بدنش پیس(بیماری برص) بود. ما حتى فرصت سوارشدن بر اسب را نیافتیم. درگیرى شدیدى رخ داد. ساعتى بعد صداى الله اکبر شنیدم و کسى فریاد زد خداوند، خبیثى را کشت».

 

«شمر را دستگیر کردند و نزد مختار آوردند. مختار دستور داد گـردن او را زدند و جسدش را در دیگ روغن جوشیده افکندند و یکى از یاران مختار با پاى خود سر شمر را لگد مى‌کرد.»

 

«عبدالرحمن بن عبد مى‌گوید: من شمر را به هلاکت رساندم. مختار تا نگاهش به سر بریده شمر افتاد، سجده شکر به جاى آورد و دستـور داد آن سـر را بـالاى نـیـزه کـنـنـد و مقابل مسجد جامع شهر در معرض دید مردم قرار دهند تا موجب عبرت همگان باشد».  

 

یاران شمر همگی پا به فرار گذاشتند. خود او هم فرصت نکرد تا لباس رزم بپوشد، پارچه‌ای به خود پیچید و با نیزه در مقابل سپاه مختار ایستاد تا اینکه از پای در آمد. اقوال دیگری نظیر اینها هم هست. ابوعمره، شمر را دستگیر کرد و نزد مختار آورد. مختار ثقفی، سر او را از بدن جدا کرد و بدنش را درون دیگى پر از روغن جوشان انداخت. یاران مختار سرش را لگدکوب کردند و نزد محمد بن حنفیه فرستادند تا تسکینى بر وى باشد.

 

شیخ طوسی نیز در کتاب «امالی» خود درباره اعدام شمر توسط مختار چنین نوشته است: «... ابوعمره با گروهی به تعقیب شمر رفتند و طی یک درگیری مسلحانه او را زخمی کردند و سپس به اسارت درآمد، او را به نزد مختار آوردند، مختار دستور داد او را گردن زدند و جسد او را در دیگ روغن جوشیده افکندند و یکی از اطرافیان مختار، سر شمر را با پای خود لگدکوب کرد.